Первым браком Евгений Федорович был женат на дочери Василия Петровича Авенариуса [19], известного до революции писателя. Второй его женой стала Людмила Ивановна Кульнева, родственница генерала Якова Петровича Кульнева, героя Отечественной войны 1812 г. Сын Евгения Федоровича от второго брака, Николай Евгеньевич Алексеевский (1912-1993) был выдающимся физиком-экспериментатором.

После революции многие представители рода фон Бодунген эмигрировали. Судьба нескольких оставшихся сложилась трагично.

Фердинанд Густавович фон Бодунген, сын доктора Густава Карловича, окончил Петришуле (известную немецкую школу в Санкт-Петербурге) и богословский факультет Дерптского университета. В 1901 г. он был посвящен в пасторы и служил в лютеранской кирхе Апостола Петра в Петергофе [20]. В 1937 г. 65-летний пастор Фердинанд был арестован по обвинению в шпионаже в пользу гитлеровской Германии. 15 января 1938 г. он был расстрелян [21] и похоронен в Левашовской пустоши под Ленинградом [22].

По некоторым сведениям, репрессирован был и двоюродный брат Фердинанда Густавовича, Алексей Адольфович Бодунген. В некоторых современных публикациях его ошибочно называют Александром [23]. Выпускник Института инженер путей сообщения, сотрудник Управления Северо-Западной железной дороги [24], известный нумизмат и коллекционер, он собрал огромную коллекцию почтовых марок, монет и фарфоровых фигурок. После его ареста коллекция была уничтожена [25].

В настоящее время потомков Бодунгенов по мужской линии в Петербурге не осталось.